军，整顿漕军和水师也是重中之重。
水师属正规战斗编制，漕军则是用来护卫内陆漕运，相当于各地水师的备用兵员。
工部在天启九年元日大朝会上奏称，全国上下，现有漕军十二万八千人，漕船一万有余。
重整水师，首要自然是选择主力战船和辅助战船。
重新设置的龙江、长乐造船厂做的第一件事，便是整理现在还剩下的两处造船厂的海船资料。
永乐一朝，龙江船厂专造远洋战船，而长乐船厂则是辅助其制造用作海运的遮洋船。
不过自嘉靖一朝裁撤至今，大量海船资料都已经丢失，经过近一月的整理，只能找到当年极少的一部分。
现在能找到当年龙江和长乐船厂的图纸不多，有大黄船、小黄船、四百料战座船、二百料战船、一百五十料战船、一百料战船、三板船、浮桥船、四百料巡座船、二百料印巡船、二百料巡沙船、九江式哨船、安庆式哨船、轻浅利便船、金水河渔船、后湖一号楼船、后湖二号楼船、后湖平船、抽分座船、快船、蜈蚣船以及四桅海船和两头船等。
这还仅仅只是当年永乐一朝所造船种时极少的一部分，其余大部分的名称和制造方法，现在都已经彻底消失。
由此可见，大明已经有相当长的时间不造海船了。
龙江和长乐两处海船船厂，其中以龙江船厂旧址的规模更大，根本不亚于现在全国最大的造船厂清江督造船厂。
尤为重要的是，有一个叫宋安的造船匠居然在龙江船厂的总厂附近，找到了永乐一朝遗留下来宝船厂的地址。
朱由校立刻派东厂去进行战略性保护，经过东厂十几天的探查，发现这个宝船厂的规模竟然相当的大！